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基因数据处理20之BWASW算法ref分块建立索引然后比对
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-18 热度:145
SRR003161h20.fastq span style="font-family: Arial,Helvetica,sans-serif; font-size: 12px; background-color: rgb(255,255,255);"三次测试:/span hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub$ bwa bwasw GRCH38chr1L3556522.fna SRR003161h20.fast[详细]
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基因数据处理21之BWASW算法ref分块建立索引然后比对(ref切分为
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-18 热度:116
1.时间分析 对ref为单条染色体进行比对,第一次比对在3-5s不等,对chr1-4比对,在20s左右 连续比对多次后,对单染色体比对降到1s左右,chr1-4降到2s左右 不懂为什么比一次比对时间比较长,后面几次比对时间变短 运行代码: hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/[详细]
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基因数据处理22之对GRCH38全基因建立BWA索引
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-18 热度:188
环境: ubuntu 14.04 内存 6G bwa 0.7.12 结论: 建立索引大概4500秒左右 节点2运行: hadoop@Mcnode2:~/cloud/adam/xubo/data/test20160422$ cp ../test20160310/GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna .hadoop@Mcnode2:~[详细]
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产品策略研究期的数据分析与挖掘
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-18 热度:174
万物生长,适者生存,事物发展代谢遵循一定趋势,产品亦然。 策略研究找趋势 在产品设计阶段,第一时期策略研究首先从宏观角度对外部环境和内部情况加以分析,重点关注市[详细]
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基因数据处理23之BWASW算法ref分块建立索引然后比对(ref切分为
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-18 热度:175
结论: read为25000条对单条染色体进行比对需要110秒左右,对chr1-4比对需要160秒左右 运行结果: 1[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs[bsw2_aln] read 17040 sequences/pairs (10000385 bp) ...[bsw2_aln] read 7960 sequences/pairs (4469697[详细]
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大数加减法-java实现
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-16 热度:183
计算机的各种数据类型的存储范围有限 在特大数的处理方面 也许需要我们自己去实现 这里就给大家介绍下 大数的加减法处理 大数加法 基本思想是将两个特大的整数利用字符数组作为存储介质 对原有数进行翻转处理 逐位计算 遍历结果逢十进一 代码如下 private st[详细]
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教程:手把手教你用永洪敏捷BI做数据可视化
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-15 热度:115
俗话说,工欲善其事,必先利其器。在当前的时代背景下,选择一款合适自己企业的数分析工具,就显得十分重要。下面给大家分享一款业务用户也能轻松进行大数据分析的工具——永洪一站式大数据分析平台。 本文由永洪科技投稿,未经授权转载视为侵权,欲转载者请[详细]
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基因数据处理24之BWASW算法ref分块建立索引然后比对(ref切分为
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-15 热度:106
比默认的要块1倍左右 1[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs[bsw2_aln] read 25000 sequences/pairs (14470082 bp) ...[main] Version: 0.7.13-r1126[main] CMD: bwa bwasw -t 4 GRCH38chr1L3556522.fna SRR003161h100000.fastq[main] Real time:[详细]
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白话空间统计二十一:密度分析(一)
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-15 热度:184
白话空间统计二十一:密度分析(一) 密度分析这个概念其实很早就想写了,也有无数同学都问过我,虾神你能不能讲讲那些漂亮的热度图是怎么做的啊?比如下面这种: 如果说,这是互联网地图里面,最让人喜闻乐见的一种空间分析模式(或者是看热闹的同学就认为[详细]
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基因数据处理25之avocado安装
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-15 热度:101
基因数据处理25之avocado安装 下载: git clone https://github.com/bigdatagenomics/avocado.git 安装 第一次失败,第二次成功 hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/code/avocado$ mvn install[INFO] Scanning for projects...[INFO] ------------------------[详细]
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4542: [Hnoi2016]大数 莫队算法
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-15 热度:168
555我好弱啊 都说今年的HNOI是无脑数据结构赛,都很好想只是码代码的问题,然而我还是不会做这道题。 要退役了啊啊[详细]
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4542: [Hnoi2016]大数|莫队
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-15 热度:162
HN一天考两个莫队是什么鬼..或者说莫队不是正确的姿势..? 考虑已经知道了 l . . r 的答案新添入 r + 1 如何更新当前答案 需要先预处理出后缀 m o d p 的值 b i ,假设子序列 l . . r 模 p 的值为 x 那么 x ? 10 r ? l + b [ r ] = b [ l ] 然后就可以直接莫[详细]
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手把手:R语言文本挖掘和词云可视化实践
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-15 热度:187
感谢eBDA 工作室的投稿! eBDA工作室是植根于运营商的一支数据分析团队,是由一群喜欢数据分析和创新的小伙伴组成的,成立两年以来,我们在底层数据存储HDFS/ORCFile,计算框架和资源管理MapReduce/Storm/Spark/Yarn,到数据分析工具Hive/Pig/R/Spss,数据集[详细]
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大数据分析提升电子病历临床价值
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-15 热度:163
大数据文摘作品,转载需授权 选文:孙强 翻译整理:孙强 ,Dr Guo,? 胡楠,汪霞 医疗服务从业者理应继续使用大数据分析策略将电子健康档案中的信息转换为临床可执行的洞见。 电子健康档案( EHRs )通过病人信息权限的加速获取,工作流程的优化,成本的减少和[详细]
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HDU 1212 Big Number 大数取模
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-15 热度:136
Big Number ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)????Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others) ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Total Submis[详细]
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白话空间统计二十一:密度分析(三)
所属栏目:[大数据] 日期:2021-05-15 热度:90
白话空间统计二十一:密度分析(三) 昨天我们看到的都是一维(单变量平滑)的问题,实际上对于做地理信息的同学来说,这种在一个数轴上展开的各种曲线完全就不符合我们的认知或者审美观嘛……别急,今天开始,我们就把这种抽象的数轴曲线,变成大家喜闻乐见[详细]
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【BZOJ3110】【codevs1616】K大数查询,权值线段树套普通线段树
所属栏目:[大数据] 日期:2021-03-19 热度:92
Time:2016.05.09 Author:xiaoyimi 转载注明出处谢谢 传送门1 传送门2 思路: 之前没怎么接触过权值线段树(非主席树),这次就当学习了一下吧。一开始还把题意理解错了,我的天[详细]
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poj1503 Integer Inquiry (大数相加)
所属栏目:[大数据] 日期:2021-03-19 热度:146
C - Integer Inquiry Crawling in process... Crawling failed Time Limit: 1000 MS???? Memory Limit: 10000 KB???? 64bit IO Format: %I64d %I64u Submit Status Practice POJ 1503 Appoint description: System Crawler (2016-05-09) Description One of[详细]
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大数据处理的一些总结和应用(有关舆情监控)
所属栏目:[大数据] 日期:2021-03-19 热度:64
? ? 说到大数据处理可能大家都不会陌生,这是近年来非常火热的话题,各行各业都想借助大数据为自己助力,有了这个工具,就好像在飞机上看农田一般清晰,一目了然,也也就是业内人士常说的大数据提供了一个------上帝视角 大数据的概念: 1、指的是所涉及的资[详细]
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余弦相似性:找出相似文章
所属栏目:[大数据] 日期:2021-03-19 热度:197
上一次,我用TF-IDF算法自动提取关键词。 今天,我们再来研究另一个相关的问题。有些时候,除了找到关键词,我们还希望找到与原文章相似的其他文章。比如,"Google新闻"在主新闻下方,还提供多条相似的新闻。 为了找出相似的文章,需要用到"余弦相似性"(cos[详细]
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bzoj 3110: [Zjoi2013]K大数查询(树套树,整体二分)
所属栏目:[大数据] 日期:2021-03-19 热度:79
3110: [Zjoi2013]K大数查询 Time Limit:? 20 Sec?? Memory Limit:? 512 MB Submit:? 4020?? Solved:? 1547 [ Submit][ Status][ Discuss] Description 有N个位置,M个操作。操作有两种,每次操作如果是1 a b c的形式表示在第a个位置到第b个位置,每个位置加[详细]
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数据流和批量大数据分析技术 Apache Apex 提升为 Apache 顶级项
所属栏目:[大数据] 日期:2021-03-19 热度:175
数据流和批量大数据分析技术Apache Apex近日被Apache软件基金会提升为顶级项目。这项技术已被包括第一资本(Capital One)和通用电气(GE)在内的企业组织使用,可以帮助开发人员更快速地创建充分利用实时数据的应用程序。 Apache Spark日益受到关注,表明了[详细]
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大数加法运算
所属栏目:[大数据] 日期:2021-03-19 热度:118
void add(char a[],char b[]){/*********************装换*********************/int num1[LEN];int num2[LEN];for (int i = 0; i LEN; i++){num1[i] = 0;num2[i] = 0;}int lena = strlen(a);int lenb = strlen(b);for (int i = lena - 1,j = 0; i = 0; i--)[详细]
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图像相似性搜索的原理
所属栏目:[大数据] 日期:2021-03-19 热度:131
本文转自: http://www.hackerfactor.com/blog/index.php?/archives/432-Looks-Like-It.html http://www.voidcn.com/article/p-nvcdxgfv-bnx.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_b27f71160101gp9c.html http://www.voidcn.com/article/p-ojqegjmq-wy.html[详细]
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大数加,减,乘,取余一起
所属栏目:[大数据] 日期:2021-03-19 热度:125
#includeiostream#includestring#define LEN 100using namespace std;void add(char a[],char b[]){/*********************装换*********************/int num1[LEN];int num2[LEN];for (int i = 0; i LEN; i++){num1[i] = 0;num2[i] = 0;}int lena = strlen[详细]
